近年来，南通市积极开展生物多样性保护和管理工作，取得显著实效。
率先完成生物多样性本底调查
在全省率先完成全域调查，建立了相关物种的名录和编目数据库，为生物多样性保护与管理提供支撑。目前记录物种3508种，约占全省记录物种的58.63%，丰富度省内领先。高出已完成全域本底调查的盐城市377种、常州市1039种，与连云港市（3673种）物种数量相当。其中珍稀濒危物种共127种，属于国家重点保护野生动植物的有78种。
率先筹划建设生物多样性综合观测站
在全省率先筹划建设“南通五山生物多样性综合观测站”，在全市沿江沿海典型生态系统、自然保护地、生态保护红线、生态空间管控区等热点区域开展周期性、连续性生物多样性及生态系统观测，积累和丰富南通生物多样性保护基础大数据。
率先开发“生物脸谱”APP
在全省创新开发“生物脸谱”APP，推动公众参与生物多样性保护。该APP是一款以南通市生物多样性本底调查数据为基础，以“脸谱”的方式直观展现某物种在南通市的生存状况及受关注程度等功能的移动端手机APP。
率先建立跨县野生动物资源保护机制
崇川区检察院与如皋法院等9个职能部门共同签署《构建野生动物资源协同保护机制的框架协议》协议，建立江苏省首个跨县域野生动物资源协同保护机制。
加强沿江沿海湿地生物多样性保护
落实“三线一单”生态环境分区管控情况，严格控制与生态保护无关的开发活动，积极腾退受侵占的高价值生态区域，大力保护修复沿江沿海湿地生态系统，如东建立健全沿海湿地面积总量管控、湿地占补平衡等管理制度，清除互花米草6000亩，修复滨海湿地植被群落600亩。今年2月，长江南通段共观测到江豚91头次，刷新单月纪录。如东沿海湿地每年为近80种、数十万只的水鸟提供迁徙停歇地，是国际候鸟迁徙通道上的重要驿站。其中，勺嘴鹬、小青脚鹬、斑尾塍鹬等13种鸻鹬种群数量更是超过第五次全球水鸟种群估计（WPE5）总数的1%，达到了拉姆塞尔湿地公约中规定的国际重要湿地的标准。