2023年南通市生态质量指数为53.51，类别为“三类”，各县（市、区）生态质量指数介于 44.83~58.28之间。南通市共有7个县（市、区）参与生态质量评价，其中如东、启东、海安为“二类”，通州、崇川、海门、如皋为“三类”。2023年南通全市除启东、海门、通州上升0.60、0.23和0.18外，其余4个区县EQI均下降；其中如皋、海安、如东、崇川EQI下降分别为-1.01、-0.73、-0.53和-0.03。由于生物多样性指数全省统一值，各县区该指标无差别；崇川生态胁迫指数最高，为100；如东生态格局指数最高，为37.31；海安生态功能指数最高，为83.23。